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El cenobio original fue construido en el siglo VI aunque se fue ampliando hasta el siglo XI, de modo que en el templo se unen los estilos visigótico, mozárabe y románico.

Las cuevas son la parte más antigua del monasterio. En ellas se pueden ver sepulcros apiñados y superpuestos de personajes sin identificar, que debieron ser ilustres por la proximidad al sepulcro del santo. En el s. VI, en esta cueva hacía sus penitencias cuaresmales san Millán.

Los primeros moradores de Suso son ermitaños que viven buscando la soledad en las cuevas.

En el 923 resurge el monasterio después de la conquista de Nájera por Sancho III el Mayor, rey de Pamplona, y lo habitan monjes mozárabes. En un arco de herradura mozárabe que da a la entrada a la iglesia hay dos capitales visigóticos de tipo corintio. Mozárabes del siglo X son también las dos capillas cuadradas y gemelas del interior.

En la cueva central, que en los primeros tiempos sirvió de oratorio, estuvo enterrado San Millán hasta el año 1030 en el que Sancho III el Mayor y su mujer Muniadonna, con asistencia de los obispos de Pamplona, de Oca, de Alava y de Huesca, hicieron levantamiento solemne de las reliquias.

San Millán: 

es uno de los confesores hispanos más celebrados de la España visigoda. Debe la extensión de su fama a la Vita Sancti Emiliani escrita por el obispo San Braulio de Zaragoza, y más tardiamente a la Historia del Señor San Millán de Gonzalo de Berceo. Su fama también lo hizo tener una presencia en la iconografía, imaginería popular, leyendas, apariciones en batallas libradas contra los moros. Todo esto produjo un oscurecimiento de la verdadera figura de San Millán, monje pobre, eremita y santo.

San Millán, pastor de ovejas.

Millán es hijo de pastores y pastor él mismo desde su niñez. Siendo joven se hace discípulo del ermitaño Félix, llevando vida solitaria y penitente en la provincia de la Rioja, en la montaña de Bilibio, cerca de Haro. Habiendo aprendido el tenor de vida eremítico, vuelve a su pueblo para internarse en los montes Distercios. Pasa allí cuarenta y cuatro años. Según Gonzalo de Berceo, «confesor tan precioso no nació en España…”

Llamado al sacerdocio: 

De la soledad es llamado por su obispo Dídimo de Tarazona al presbiterado, asumiendo prontamente la parroquia de Santa Eulalia en su pueblo natal Berceo. El paso por la parroquia resultó en un estruendoso fracaso. Fue acusado de malversación del dinero parroquial por sus hermanos sacerdotes y reprendido por el obispo. Finalmente decide volver a su soledad. Se retira al valle de Suso o de arriba, cercano a su pueblo, donde trascurre la última etapa de su vida. En torno al santo va formándose una comunidad de hermanos y hermanas que formarán después de la muerte de san Millán el gran monasterio de San Millán de la Cogolla.

Ya en vida, san Millán es visitado, consultado y venerado. Salió al parecer muy poco de su eremitorio. La última salida que hace es para anunciar la destrucción de algunas ciudades de Cantabria. Un poco después muere con más de cien años.

Sus restos fueron venerados durante mucho tiempo en el mismo lugar de su ermita. En el 1076 sus restos son trasladados a la nueva Iglesia de Yuso o de abajo. Los restos de San Millán reposaron allí desde entonces.

En la cueva llamada Oratorio de San Millán se da sepultura al santo. Y aquí podemos encontrar el  cenotafio (monumento funerario en el que no está el cadáver de la persona a quien se dedica) de san Millan. Situado a nuestra izquierda, se trata de una escultura yacente del santo de época románica (siglo XII), vestido con ropas sacerdotales visigodas, construido en alabastro oscuro casi negro. Tiene unas medidas de 1,13 metros de altura, 2,11 metros de longitud y 1,93 metros de profundidad.

En sus manos podemos encontrar esculpido un portapaz sobre el pecho con la cruz de San Millán, una cruz florenzada de brazos iguales, con decoración de números y vegetales. Alrededor podemos ver distintas escenas de la vida del santo: dos ciegos con sus bastones y un perro lazarillo acuden a implorar el milagro del santo, una niña muerta que resucitó al tocar el sepulcro, y distintos anacoretas. Se trata de decoración en altorrelieve que rodean los cuatro lados y los cuatro angulos formando un total de seis escenas. El cenotafio se apoya en un soporte con seis mensulas. Se le considera de una época tardo-románica o proto-gótica.

Se atribuyen a san Millán gran número de milagros. La devoción a San Millán se extendió por toda España, siendo especialmente importante en La Rioja y Navarra, donde era invocado en las batallas como Santiago en Castilla. El conde Fernán González era muy devoto de él. Tras la batalla de Simancas, en el año 923, en la que San Millán aparece en defensa de los cristianos, es nombrado patrón de Castilla, y se comprometen a pagar los Votos de San Millán.

Los cadáveres decapitados de los 7 infantes de Lara están enterrados en unos sepulcros pétreos que se ubicaron en el pórtico meridional del monasterio de San Millán de la Cogolla de Suso. De este modo, el monasterio fue también conocido como panteón de los siete héroes castellanos.

La Leyenda de los infantes de Lara, incorporada al Romancero y cuyos hechos responderían a una realidad histórica situada en el último cuarto del siglo X, tuvo un éxito considerable en la Castilla de la Edad Media.

Según ella, los siete hermanos, hijos del noble Gonzalo Gustioz, fueron capturados por los musulmanes en una emboscada preparada por Ruy Velázquez, trasladados a Córdoba y decapitados.

Mudarra (también llamado «hijo de la renegada»), hijo bastardo de Gonzalo Gustioz —padre de los infantes— y de una hermana del mismo Almanzor, recibió su educación de este caudillo musulmán. Vengó después la muerte de sus hermanastros.

La aparición de los cadáveres descabezados fue prueba que, poco tiempo después, convenció tanto a Sandoval como a Yepes para sellar la contienda a favor de la Cogolla. De este modo, el monasterio se conoció también como panteón de los siete héroes castellanos. Años antes, en diciembre de 1569, se habían encontrado en la iglesia parroquial de la villa de Salas «las cabeças de los siete Infantes dentro de vn arca de madera, cubiertas con vn lienço»

Los sarcófagos de los siete infantes de Lara se encuentran en el Monasterio de San Millán de Suso. Las cabezas de los infantes están en la iglesia de Santa María de Salas de los Infantes, y el sepulcro de Mudarra se halla en la Catedral de Burgos.

Cuna de la lengua

Una lengua no nace. Se hace. Las glosas emilianenses no indican un momento ni el lugar exacto en que comienza a existir el castellano. Sin embargo, San Millán se ha convertido en el símbolo del nacimiento de la lengua castellana. En torno a su sriptorium, biblioteca y archivo un monje escribe por primera vez, de forma consciente, en el habla del pueblo. No son palabras sueltas, no son traducción de un texto en latín.

Surge así el primer pasaje de prosa continua, una muestra de un sistema lingüístico, perfecto en sí mismo, en razón de su utilidad comunicativa, alejado ya de los esquemas latinos, con independencia lingüística consciente. Y en este mismo marco, sólo algunos siglos más tarde, escribió sus versos Gonzalo de Berceo, el primer poeta de nombre conocido de nuestra literatura.

Ninguna otra lengua conocida, de extensión e importancia comparables a la española, puede ser atribuida y asociada a un monumento y entorno natural tan singularizado y concreto como San Millán.

Pero San Millán es mucho más que un conjunto arquitectónico singular, más que unas glosas en romance, más que el lugar en que desarrolló su vocación y escribió Gonzalo de Berceo. El verdadero tesoro que encierran estos monasterios, lo que han dado al mundo y les ha hecho merecer el reconocimiento de la comunidad internacional a través de su declaración como Patrimonio de la Humanidad por parte de la UNESCO es, precisamente, un patrimonio lingüístico.

Hace más o menos mil años, un monje de San Millán se enfrenta a un códice escrito en latín. Va tomando notas para comprender la gramática y aclarar los significados. A esas notas las llamamos glosas, las Glosas Emilianenses. Lo más novedoso es que esas glosas están redactadas, conscientemente, en el habla del pueblo, en romance, y pueden presumir de ser la primera página de la literatura española.

En el margen derecho del folio 72r del códice Emilianense 60 leemos esta doxología, que en parte es traducción del latín y en parte cosecha del glosador.

El primer texto en castellano…

“Cono aiutorio de nuestro dueno dueno Christo, dueno Salbatore; qual dueno get ena honore et qual duenno tienet ela mandatione cono Patre cono Spiritu Sancto enos sieculos delo sieculos, facamus Deus Omnipotes tal serbitio fere ke denante ela sua face gaudioso segamus. Amén”.

Traducido al castellano de hoy:

Con la mediación de nuestro Señor, don Cristo, don Salvador, que comparte el honor y la jerarquía con el Padre y con el Espíritu Santo por los siglos de los siglos, Dios omnipotente nos haga servir de tal manera que nos encontremos felices en su presencia. Amén.

… y en vascuence

Es interesante que en este mismo Códice, aunque en otras páginas, se recogen también dos anotaciones, hechas por el mismo monje, en vascuence. Se trata del más antiguo testimonio escrito conservado de dicha lengua.

“izioqui duguguec aiutuezdugu”

«Hemos sido puestos a cobijo, hemos sido salvados a nosotros no se nos ha dado ayuda «